生物化工学科有55年的办学历史，其前身是原北京轻工业学院1958年创建的国内最早的发酵工程专业，1983年更名为生物化工专业，1998年遵循教育部学科调整统一专业名称为生物工程专业，2003年获得生物化工硕士学位授予权，是学校重点建设学科。生物工程专业的学科基础是由生物学、化学、工程学构成的生物化工学科，多学科的交叉融合使其具备生物学理论研究和应用生物技术特性，理工兼具、特色鲜明，获得教育部、北京科技进步一等奖3项，省部级科技进步奖二等奖2项、三等奖1项，其他奖3项。

主要研究方向如下：

食品生物技术：利用基因工程、细胞工程、发酵工程等现代生物技术开发安全、高效的生物源食品添加剂及功效因子，包括工业微生物菌种选育、工业化植物细胞培养、高效生物酶制剂的研究及应用、生物基化学品的生物催化与转化、传统发酵技术、食品贮藏保鲜技术等。

生物分离分析技术：利用现代分离分析技术实现对生物有效成分的分离纯化和高效提取、构效关系分析和功效评价等目的。包括新型逆流色谱分离体系的研究及与多元分离技术的集成与放大，天然植物活性成分构效关系研究及在功能食品等方面的应用，高纯度天然活性成分国家标准样品和对照品的研制。

生物资源高值化利用技术：利用现代生物技术的原理和方法提高生物资源的利用效率、提升生物有效成分的利用价质、扩大生物质资源的有效利用模式，实现特定资源的生物转化以及活性组分的有效利用。包括化妆品生物技术、农副产品高值化利用技术、环境生物技术、轻工食品发酵行业的清洁生产技术等。