化学工程系源自北京轻工业学院化工原理教研室，1980年开始筹备化工原理课程，并组建化工原理教研室，建立化工原理实验室。2012年，化工原理教研室更名为化学工程教研室；2020年，化学工程教研室改为化学工程系。

目前，化学工程系主要负责轻工科学技术学院、食品与健康学院、生态环境学院、化学与材料工程学院相关专业本科生的工程基础课程的理论和实验教学工作，现有一个化学工程专业硕士学位方向-反应与分离工程。

教研室现有教师7人，其中副教授5人，讲师1人，实验员1人，具有博士学位者6人（其中博士后3人），占教师总数85.7%，已经形成了一支以中青年教师为主，学历层次高的教学科研团队。教师中有北京市高校中青年骨干教师1人，北京工商大学教学优秀一等奖获得者1人，获得北京市青年拔尖人才培育计划1人，获北京工商大学优秀教师称号2人，获北京工商大学课程思政奖励2人。并有多位教师在学术团体中担任兼职。

教研室承担的本科课程包括《化工原理》、《化工原理（上下）》、《环境工程原理》、《食品工程原理》、《化学反应工程》、《化工设备设计基础》等，研究生课程包括《环境分析波谱学》、《高等化工热力学》、《化学反应工程》等。近年来，先后承担十二五科技支撑计划子课题1项，国家自然科学基金3项，北京市自然科学基金4项，承担部分行业的第二次全国污染物普查的系数核算及校核工作以及多项企业委托横向项目，参与了国家科技部重点研发计划等科研项目多项。2012年以来，教研室先后获得北京工商大学教育教学成果奖二等奖3项，承担校级教改项目5项；指导学生参加“北京市大学生化工原理竞赛”、“全国大学生化工实验大赛”、“全国大学生化工设计竞赛”等国家级和省部级学科竞赛，并获得多项一、二等奖。