北京工商大学生物工程专业办学历史悠久，其前身是原北京轻工业学院于 1958年创建的、国内最早的发酵工程专业，1983年更名为生物化工专业，1998年调整名称为生物工程专业。本专业在 2003年获得生物化工硕士学位授予权，2016年获得发酵工程硕士学位授予权，2020年获生物与医药专业硕士学位授权，教育部“双万计划”北京市级一流本科专业建设点，北京工商大学重点建设学科。

本专业拥有一支年富力强、朝气蓬勃、勇于创新和精于研究的高素质教学科研队伍。本专业现有教授6人，副教授16人，讲师9人，实验师2人。其中具有博士学位30人，具有博士后研究经历9人，国外研究经历10人。包括北京市科技新星2人，北京市高校中青年骨干教师1人，北京高校优秀共产党员1人。获北京市科学技术一等奖3人、三等奖1人、教育部科学技术一等奖1人，行业科技进步奖5人。多位教师担任国家自然科学基金、科技部和相关行业协会评审专家以及国内外学术团体的技术顾问。教师先后承担“973”、“863”、国家重大科研计划项目课题、国家自然科学基金、北京市自科基金等50余项。

生物工程/技术是当代高新科技的主要领域之一，北京工商大学生物工程专业办学近60年来，不断探索独具本校特色的生物工程专业人才培养模式，培养适应国家与首都经济建设和社会发展的高素质复合型生物工程专业人才。本专业以“厚基础、宽口径、重实践”为指导思想，培养既具有系统的生物学理论基础，又掌握现代应用生物技术基本技能的学生，本专业结合在轻工行业的传统优势，注重生物技术在轻工食品、生物医药和资源环境等领域的综合应用，主要研究方向包括医药食品生物技术、产物分离技术、安全检测技术、工业生物转化技术、化妆品生物技术等，与首都定位科技创新中心、着力打造生物、医药产业的发展战略密切呼应。

本专业拥有约1000平米专业实验室，配备基因测序仪、流式细胞仪、微生物鉴定仪、超速冷冻离心机、显微镜、色谱仪、进口发酵装置等现代化生物仪器设备，本科开设生物化学、微生物、生物分离工程、基因工程等实验课程，为学生提供丰富的实践教学条件。与很多国内大型企业具有友好的合作关系，在北京二商集团、燕京啤酒集团、王致和有限公司等企业和培训机构建有校外教学实践基地，供本系学生参观实习及进行生产操作实训，使理论与实践相结合，培养技能型人才。本科教学质量稳中上升，近5年本科生就业率接近100%，英语四级通过率位居学校前列，2019届考研出国率超过40%。